Pada 10 Januari 2004, Salonga berkahwin dengan Robert Charles Chien, seorang Pengarah Urusan Cina-Jepun sebuah syarikat perisian hiburan di Los Angeles, California, yang dia bertemu ketika melakukan Flower Drum Song.[123][124] Mereka mempunyai seorang anak perempuan, Nicole Beverly Chien, yang dilahirkan pada tahun 2006, yang dinamakan selepas mendiang ibu mertua Salonga, Beverly.[125] Beliau juga merupakan seorang yang gemar dengan permainan video, dan telah menyebut cintanya untuk hobi dalam beberapa artikel cetak beliau.[126] Beliau membahagikan masanya antara Filipina dan Amerika Syarikat.[127]

Pada 15 Oktober 2010, Salonga dilantik sebagai Duta Muhibah Pertubuhan Makanan dan Pertanian Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu (FAO).[128][129]